Gedurende de laatste decennia van de zestiende eeuw verdwenen in de Nederlanden de meeste toen bestaande institutionele bibliotheken: die van kloosters en andere kerkelijke instellingen. In dezelfde tijd ontstonden de eerste stadsbibliotheken in bijvoorbeeld Amsterdam (1578), Utrecht (1581), Gouda (1590), Haarlem (1596) en Deventer (1597). Andere steden volgden. Veelal waren de collecties gevormd uit opgeheven plaatselijke kloosterbibliotheken. Enkele stads- en kerkbibliotheken (het verschil is vaak moeilijk aan te geven) waren al ontstaan voor de invoering van de Reformatie, en dankten hun oorsprong veeleer aan de geest van de vroegzestiende-eeuwse Latijnse School met haar mengeling van roomse vroomheid en erasmiaans humanisme dan aan de Hervorming. Het bekendste voorbeeld is de Zutphense Librije: gesticht in 1562, en nog altijd te vinden in haar oorspronkelijke huisvesting, heeft zij nog veel van de oorspronkelijke inrichting behouden. Vergelijkbare nog bewaarde kerkbibliotheken zijn die van Edam (1575; boeken nu in bruikleen bij de Koninklijke Bibliotheek in Den Haag) en Enkhuizen (1590). De oudere 'librijes' en de jongere stadsbibliotheken deelden in de volgende eeuwen dezelfde lotgevallen: voorspoed onder het bewind van een bibliofiele predikant, rector of burgemeester wisselde af met schromelijke verwaarlozing. In de betere tijden werden catalogi gepubliceerd; het oudste voorbeeld is de catalogus van de stadsbibliotheek van Utrecht (1608). Amsterdam, Haarlem, Enkhuizen en andere steden volgden later in de zeventiende eeuw.